Nature Genetics：自身免疫性疾病基因定位—SCENT

疾病的遗传学研究，绘制驱动疾病的基因组片段。但要了解这些变化是如何导致疾病进展的，重要的是要了解它们如何改变被认为是驱动疾病的细胞群中疾病基因的基因调节。“增强基因图谱”将基因组调控区域与基因联系起来，对了解疾病至关重要。但是，由于目前实验方法的局限性，构建它们面临着挑战，这使得该技术难以应用于罕见的细胞群和只调节特定细胞类型的基因。

布里格姆妇女医院(Brigham and Women 's Hospital)是麻省总医院布里格姆医疗保健系统的创始成员之一，该医院的研究人员开发了一种名为SCENT(单细胞增强子靶基因定位)的统计方法。这种方法使用多模态单细胞数据来建立调控元件和基因之间的联系，使他们能够查明常见和罕见疾病的可能致病基因位点。这些见解可能有助于开发各种疾病的治疗方法。

研究小组将SCENT应用于代表各种人体组织的9个多模态单细胞数据集，包括免疫细胞、神经元细胞和垂体细胞，旨在了解每种特定细胞类型中DNA调控的复杂性。利用这些数据，他们开发了23个不同的基因增强子图谱，以研究与1143种疾病和特征相关的基因变异和表达模式。值得注意的是，他们发现，对于免疫疾病，关键的见解不仅来自免疫细胞，而且来自受影响组织本身的细胞。

“对于大多数自身免疫性疾病，人们认为我们需要一个免疫细胞的总体图。但是我们发现免疫细胞的增强基因图谱在受影响的疾病组织中是不同的，”布里格姆风湿病学、免疫学和炎症学部门的Soumya Raychaudhuri医学博士说。“我们展示了这种图谱如何用于解释类风湿性关节炎和其他自身免疫性疾病的遗传数据。”