Pust在Xavier的实验室里，他是传染病和微生物组项目的联合主任。Xavier是哈佛医学院Kurt J. Isselbacher医学教授，麻省总医院(MGH)计算和综合生物学中心主任，麻省理工学院微生物信息学和治疗学中心联合主任。

耐抗生素肠杆菌科，如大肠杆菌和克雷伯氏菌，在医院里很常见，它们可以在病人的肠道中增殖，导致难以治疗的危险的全身感染。一些研究表明，肠杆菌科也会使肠道炎症和其他微生物的感染永久化。

Kenya Honda、Xavier和他的同事们想要了解粪便微生物群移植中哪些特定的细菌可以帮助保护肠道微生物群免受肠杆菌科的侵害。Honda的研究小组从5名健康捐赠者的粪便样本中分离出大约40株细菌，并用它们来治疗感染了大肠杆菌或克雷伯氏菌的小鼠。他们测试了不同的菌株组合，并确定了一组18种菌株，它们对肠杆菌科的抑制作用最大。

庆应义塾大学的研究人员发现，在用18种有益菌株治疗的感染克雷伯菌的小鼠中，克雷伯菌改变了与碳水化合物摄取和代谢有关的基因的表达。这包括下调葡萄糖酸激酶和转运基因，表明肠道微生物之间对营养物质的竞争加剧。

Xavier的团队想要研究患有和没有肠道炎症的患者的样本。他们与Broad代谢组学平台合作，该平台由高级主任和研究合著者Clary Clish博士领导，他们分析了患有溃疡性结肠炎的儿科患者的样本，寻找肠道微生物和粪便葡萄糖酸盐水平的替代葡萄糖酸盐途径基因的存在。他们发现，在患有持续炎症的儿科患者样本中，高水平的葡萄糖酸盐与消耗更多葡萄糖酸盐的肠杆菌科细菌有关，这表明高水平的钙保护蛋白。

总之，这些发现表明肠杆菌科将葡萄糖酸盐作为一种关键的营养物质处理，并有助于患者的炎症。但是，当肠道微生物群包括18种有益菌株时，它们可能会与肠杆菌科细菌争夺葡萄糖酸盐和其他营养来源，从而限制有害细菌的繁殖。

这18种菌株也没有破坏来自克罗恩病和溃疡性结肠炎患者肠道微生物的动物体内其他健康细菌的生长，进一步强调了它们的治疗前景。

虽然还需要做更多的工作来阐明不同细菌相互竞争的确切机制，但这些发现表明，微生物疗法可以用来调整肠道生态，抑制有害细菌感染，而且副作用比典型的抗生素治疗要少。

与此同时，该团队的目标是揭示导致肠道健康和炎症的未知代谢物的身份和功能。

Commensal consortia decolonize Enterobacteriaceae via ecological control