Nature Genetics：基因组中的变异会影响DNA甲基化

安进(Amgen)子公司deCODE Genetics的科学家进行的一项新研究表明，序列变异推动了DNA甲基化和基因表达之间的相关性。同样的变异与各种疾病和其他人类特征有关。

这项研究发表在今天的科学杂志《自然遗传学》上，标题为:CpG甲基化和基因表达之间的相关性是由序列变异驱动的。

纳米孔测序是ONT (Oxford Nanopore technology)开发的一项新技术，使我们能够实时分析DNA序列。利用这项技术，DNA分子通过微小的蛋白质孔被绘制出来，电流的实时测量表明DNA中的哪些核苷酸通过了孔。这样就可以读取DNA中的核苷酸序列，同时也可以通过这些相同的测量来检测核苷酸的化学修饰。

其中一种修饰被称为DNA甲基化，它被认为是决定在任何给定时间使用哪些基因的重要因素;通常被该领域的科学家称为基因表达调控。纳米孔测序技术可以直接测量DNA甲基化，同时也比现有技术能够实现的DNA序列读取时间更长。这些进展通过测量人类基因组中所有CpG位点的DNA甲基化提供了新的机会，并且由于这项技术可以读取长DNA序列，因此可以分别确定来自父母双方染色体上的DNA甲基化。

在这项研究中，科学家们能够将CpG甲基化、基因表达和序列变异的等位基因分配给亲本染色体，从而使他们能够在单倍型水平上研究三组测量结果之间的相关性。该研究表明，序列变异会影响DNA甲基化，此外，其中一些变异可能与各种疾病以及其他人类特征有关。重要的是，该研究表明DNA甲基化与基因表达之间的相关性可归因于序列变异，表明这些变异是驱动因素。

大多数与疾病相关的序列变异都是在非编码基因组中发现的，即基因组中不编码蛋白质的区域。因此，很难理解非编码序列变异是如何导致疾病的。通过研究对DNA甲基化的影响，科学家们能够证明，许多这些变异对应于以前与疾病相关的序列变异，从而使我们能够更好地了解它们是如何导致疾病进展的。