发布日期: 2020年07月03日
来源:生物通
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全球的新冠肺炎疫情仍在蔓延,多地在重启经济后出现病例反弹。根据美国约翰•霍普金斯大学的实时统计数据,截至北京时间6月30日,全球新冠确诊病例已超1026万。虽然大多数患者的症状轻微或无症状,但少数患者会出现严重的症状,甚至病危。
德国研究人员近日对一些COVID-19患者的鼻咽和支气管样本进行了单细胞RNA测序。通过比较患者和健康对照的样本,他们发现COVID-19患者中的ACE2表达增加,这是新冠病毒进入细胞所用的受体。此外,与中度症状的患者相比,重症患者的上皮细胞与免疫细胞之间的相互作用更强。
这项成果于上周五发表在《Nature Biotechnology》杂志上。柏林洪堡大学的资深作者Roland Eils及其同事在论文中写道:“我们的数据表明,CCR1和CCR5信号通路的药理学抑制可能会避免COVID-19患者的过度免疫活化。”
在这项研究中,研究人员从柏林夏里特医学院或莱比锡大学医学院的19名COVID-19患者身上采集了鼻咽或支气管样本。其中,8名患者呈现中度症状,而另外11名则是重症患者,其中2人死亡。此外,他们还从5名COVID-19检测呈阴性的健康个体中采集了样本。
研究人员在制备单细胞悬液后,将其上样到10x Genomics的Chromium Controller内进行单细胞转录组建库。之后,他们利用Illumina的NovaSeq 6000测序系统(S2或S4流动槽)开展测序。他们总共生成了超过160,000个细胞的转录图谱。
作为气道上皮的干细胞,基底细胞(TP63+/KRT5+)优先分化成分泌细胞,再分化成纤毛细胞。这种分化轨迹在气道上皮发生损伤时改变。在这种情况下,基底细胞直接分化成纤毛细胞,而绕过了中间阶段。此次,研究人员通过拟时间作图,利用scRNA-seq数据推断出基底细胞的分化途径。
新冠病毒SARS-CoV-2最初是通过与宿主受体ACE2结合而感染上呼吸道粘膜的。他们发现,与未感染的对照相比,COVID-19患者上皮细胞的ACE2表达增加了三倍。尽管感染后ACE2+纤毛细胞的数量没有增加,但该细胞群的ACE2+细胞总数很高,这表明总体的易感性很高。他们还指出,ACE2上调与免疫细胞的干扰素信号之间存在关联。
此外,被感染的上皮细胞分泌趋化因子,在病毒感染部位招募和激活不同的免疫细胞。与对照相比,中度症状患者的CXCL1、CXCL3、CXCL6、CXCL16和CXCL17表达增加。研究人员指出,这些趋化因子编码基因的表达可能有助于招募嗜中性粒细胞、T细胞和肥大细胞。与中度病例相比,重症患者表现出更高的趋化因子和趋化因子受体表达,这表明这些患者向炎症部位招募了更多的免疫细胞。
研究人员还表示,COVID-19重症患者上皮细胞与免疫细胞之间的相互作用增加。值得一提的是,非驻留的巨噬细胞(nrMa)具有高度炎性图谱,其特征在于趋化因子编码基因CCL2、CCL3、CCL20、CXCL1和CXCL3的表达增加,以及促炎细胞因子IL1B、IL8、IL18和TNF的表达增加。他们指出,这可能是导致重症患者出现过度炎症反应的原因。
他们在文中写道,CCR1和CCR5等趋化因子受体可能代表了重症患者的靶点。由于CCL2或CCL3与CCR1、CCR2或CCR5的结合可以招募单核细胞进入肺实质,随后分化成炎性巨噬细胞,继而招募更多免疫细胞并造成上皮损伤,故CCR1和CCR5代表了有希望的抗炎靶点。
不过,研究人员承认,这项研究的限制在于未能纳入轻症患者,因为他们不需要住院。同时,他们招募的患者人数较少,这也就限制了研究人员按照年龄、性别和并发症对患者进行分层。
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