基于图算法的非经典多肽鉴定工具moPepGen的开发与应用

本研究针对蛋白质组学中非经典多肽（non-canonical peptides）鉴定难题，开发了图算法工具moPepGen。该工具通过整合基因组变异、RNA编辑、环状RNA等复杂转录本信息，首次实现线性时间内全组合变异肽段的系统性预测。在人类癌症、小鼠模型及多蛋白酶实验中验证显示，其较现有方法灵敏度提升53.7±12.2%，成功鉴定出KRAS、TP53等关键癌基因的变异肽段及184个非编码ORF（开放阅读框）产物，为肿瘤新抗原发现和蛋白质组注释提供了突破性技术。

IRF4表达决定NK细胞耗竭命运：揭示肿瘤转移中免疫调控新机制

自然杀伤(NK)细胞在控制肿瘤转移中发挥关键作用，但其功能常因耗竭状态而受限。研究人员通过追踪转录因子IRF4在CD27− CD24+ NK前体细胞中的特异性表达，发现其预先决定了成熟NK细胞的耗竭倾向。敲除IRF4可重编程NK细胞发育轨迹，产生抗耗竭的成熟NK细胞，显著抑制黑色素瘤肺转移。该研究为通过靶向Pik3ip1等分子干预免疫耗竭提供了新策略。

RNA结合型E3泛素连接酶MKRN2通过选择性抑制Il6翻译调控炎症反应

来自Cao团队的研究人员揭示了RNA结合型E3泛素连接酶MKRN2在炎症调控中的新机制。该研究发现MKRN2能特异性结合Il6 mRNA，并通过K29多聚泛素化修饰翻译起始共激活因子PAIP1（Lys179 ），阻断PAIP1-eIF4A相互作用，从而抑制Il6的翻译效率。这一发现为溃疡性结肠炎和类风湿性关节炎等炎症性自身免疫疾病提供了潜在治疗靶点。

基于诱饵捕获策略的质谱蛋白质组学假阳性发现率控制评估新框架

本研究针对质谱蛋白质组学分析中假阳性发现率(FDR)控制方法不一致且验证策略混乱的现状，通过建立理论框架系统评估了三种主流FDR验证方法的有效性，提出新型配对估计法。研究人员发现数据非依赖采集(DIA)分析工具在肽段和蛋白质层面均存在FDR控制失效问题，特别是在单细胞数据集上表现更差。该研究为蛋白质组学数据分析提供了更可靠的FDR评估标准，对提高组学研究可靠性具有重要意义。

单细胞多组学揭示FABP1+ 肾细胞癌通过脂肪酸重编程激活PLG-PLAT轴驱动肿瘤血管生成

本研究针对肾细胞癌(RCC)预后差且与脂肪酸代谢异常相关的临床难题，通过单细胞多组学技术首次发现FABP1+ 肿瘤亚群通过PLG-PLAT信号轴促进血管生成的新机制。研究人员整合scRNA-seq、空间转录组和临床前模型，证实靶向FABP1-PLG-PLAT轴可增强酪氨酸激酶抑制剂(TKI)疗效，为RCC治疗提供新策略。该成果发表于《Molecular Cancer》，为代谢干预联合抗血管治疗提供理论依据。