发布日期： 2024年08月17日
来源：PacBio
文章内容
在大大小小的城市里，一场寻找无形威胁的行动就在我们脚下展开。我们的废水系统不为人知，但却至关重要，它对公共卫生有着至关重要的影响。
废水监测可用于监测新的和反复出现的病原体、它们在一段时间内的流行情况以及新出现的变异——所有这些都可提供有关疾病在整个社区的发展和传播的宝贵信息。虽然这种做法在COVID-19大流行期间引起了广泛关注，但它实际上多年来一直是一种可靠的工具，有助于追踪脊髓灰质炎、甲型肝炎和流感等疾病。
最近无培养方法的进步，特别是通过Onso系统提供的高度精确的宏基因组测序，为进一步提升这种做法打开了大门。有了创新的测序工具，公共卫生科学家可以深入挖掘基因组线索，在与新出现的健康威胁的斗争中扮演现代侦探的角色。
继续往下读，看看科学家们是如何见证Onso上新的短读测序SBB化学物质的好处的，使他们能够在保护公众健康的持续战斗中领先一步。
除了监测社区疾病外，Onso测序还被用于应对另一个紧迫的公共卫生挑战:抗微生物药物耐药性。当细菌和真菌等微生物产生了逃避抗菌素的能力，包括挽救生命的抗生素药物时，就会产生抗菌素耐药性。世界卫生组织(World Health Organization)称，抗生素耐药性的上升是全球公共卫生和发展的最大威胁，已导致全球至少127万人死亡。
在应对这一紧迫威胁的努力中，科学家们已经确定了抗微生物药物耐药性基因，这些基因可以使细菌逃脱某些种类抗生素的影响。对这些基因的全面检查需要高度精确的测序技术，以正确识别ARGs及其规避的抗生素类型。
认识到这一关键需求，Zymo Research和PacBio最近在今年的ASM会议上提出了一项合作。这一合作凸显了Onso系统在有效评估和对抗抗菌素耐药性所需的分辨率上提供异常准确的短读测序的能力。
这项研究展示了这种合作，使用了Zymo的Quick-DNA/RNA Water Kit来处理真实的废水样品，对它们进行测序，以便在PacBio Onso系统和Illumina NextSeq 2000之间进行正面比较。在这两种测序系统之间，Onso平台产生了更多与对多种抗生素类耐药性相对应的读数。
1在Onso和NextSeq测序系统之间分配到AMR类的每个样本中读取数字。
当以相对丰度来评估时，Onso系统所揭示的这种更大的多样性变得更加明显。Illumina技术只能在每个样本中检测到少量的抗菌素耐药性，而PacBio Onso系统则能检测到更多的抗生素耐药性。
2每个样品的抗菌素耐药等级在Onso和Illumina测序系统之间呈现相对丰度。
Onso系统比NextSeq检测到的ARGs数量更多，这证明了这一点。由于许多ARGs发生在可传播给人类和在人类之间传播的致病菌中，因此这些发现有可能直接为公共卫生决策提供信息。
3使用Illumina和PacBio短读测序系统之间的zimo工作流程检测抗菌耐药基因(ARGs)
这项研究的结论清楚地证明了Onso系统在检测传染病威胁公共卫生方面的卓越能力。通过在识别抗微生物药物耐药性基因方面提供卓越的准确性，Onso系统为研究人员提供了预测和减轻潜在疫情所需的工具:
“这种精度为研究人员提供了预测疾病爆发和优化公共卫生管理策略和水处理过程所需的工具，从而加强了环境和公共卫生成果。”- - -Cheng et al., 2024
PacBio高精度短读测序技术的变革潜力令人鼓舞。在废水监测中利用这种先进工具的能力是在保障公众健康方面向前迈出的关键一步。我们致力于继续开展这项至关重要的工作，相信所获得的见解将为今后采取更积极和有效的公共卫生干预措施铺平道路。
1 https: / / www.who.int /新闻/实况报道/细节/抗菌素耐药性
2 https: / / www.cdc.gov抗菌素耐药性/关于/ index . html
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