Nature子刊：不同遗传血统女性乳腺组织的单核染色质可及性和转录组图谱

印第安纳大学梅尔文和布伦西蒙综合癌症中心的研究人员完成了迄今为止最广泛的健康乳腺细胞图谱。这些发现为印第安纳大学及其他大学的研究人员提供了一个重要的工具，以了解乳腺癌是如何发展的，以及乳腺组织在遗传祖先中的差异。

研究人员利用来自不同血统女性的健康乳腺组织，绘制了一幅乳腺组织细胞的综合图谱，包括每种细胞类型中基因组如何组织的细节，以及这种基因组组织对每种细胞类型中RNA如何制造以驱动其在乳腺不同部位的功能的影响。

该研究的资深作者Harikrishna Nakshatri博士说:“乳腺癌的结果根据你的遗传血统而有所不同。”“虽然社会经济当然是一个影响因素，但我们认为生物学和祖先也起着作用。这项研究将帮助我们解决生物学和祖先方面的问题。”

Nakshatri是IU医学院乳腺癌研究的Marian J. Morrison教授，也是IU西蒙综合癌症中心维拉布拉德利基金会乳腺癌研究中心的研究员。

Nakshatri的实验室对92名女性的88,000个细胞核进行了测序，这些女性将健康的乳房组织捐赠给了IU Simon综合癌症中心的Komen组织库。捐赠者包括非洲人、欧洲人、美洲原住民、西班牙人、东亚人、东南亚人以及德系犹太人和欧洲人。

细胞图谱不仅包括在各种细胞类型中表达的基因数据，还包括基因如何组织以及每种细胞类型中哪些特定的基因表达。研究人员知道，乳腺癌通常起源于特定的细胞类型，它的起源会导致不同的癌症类型和治疗反应。这项研究可以提高对乳腺癌发展的认识，并有助于确定新的治疗靶点。

Nakshatri说:“这项研究的目的是了解正常乳房的组成部分——这意味着正常乳房中存在多少不同类型的细胞，以及这些细胞的组成部分是否表现出依赖于遗传祖先的可变性。”“除非我们知道乳腺癌起源于哪种细胞类型，否则我们无法真正弄清楚与正常乳房相比，乳腺癌到底出了什么问题。”

以前可用的研究资源使用的是乳腺癌手术和乳房缩小手术样本中的正常组织。Komen组织库是世界上唯一的健康乳腺组织库，为IU研究人员提供了进行这项研究的独特机会。

“我们使用的组织来自临床没有乳腺癌的女性;出于这个原因，我们相信我们创造的数据是接近完美的——真的是你能得到的最接近的。”“我们从中产生的数据将永远保存下来，因为它将被许多许多团体用于未来的研究。”

来自这项研究的细胞图谱信息将通过国家卫生研究院、人类细胞图谱和基因发现的陈扎克伯格细胞提供的数据库广泛地提供给乳腺癌研究人员。

这项研究是Nakshatri实验室近5年紧张工作和生物信息学分析的成果。印第安纳大学医学院和西蒙综合癌症中心的其他作者包括Poornima Bhat-Nakshatri、Hongyu Gao、Aditi S. Khatpe、Adedeji K. Adebayo、Patrick C. McGuire、Cihat Erdogan、Duojiao Chen、Guanglong Jiang、Rana German、Lydia Emmert、George Sandusky、Anna Maria Storniolo和刘云龙。