高分辨率动态成像技术 Oligo-LiveFISH：解析染色质 DNA 通讯奥秘，开启 3D 基因组研究新征程

发布日期： 2025年04月16日

来源：Cell

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高分辨率动态成像技术 Oligo-LiveFISH：解析染色质 DNA 通讯奥秘，开启 3D 基因组研究新征程

3D 基因组动力学对细胞功能和疾病至关重要。然而，实时、活细胞 DNA 可视化仍颇具挑战，现有方法常局限于重复区域、分辨率低或需复杂基因组工程。本文介绍了 Oligo-LiveFISH，这是一种高分辨率、基于试剂的平台，可在多种细胞类型（包括原代细胞）中动态追踪非重复基因组位点。Oligo-LiveFISH 利用通过计算设计、体外（in vitro ）转录和化学标记生成的荧光引导 RNA（gRNA）寡核苷酸池，以核糖核蛋白形式递送。利用机器学习，研究人员表征了 gRNA 设计和染色质特征对成像效率的影响。多色 Oligo-LiveFISH 在 3D 中实现了 20nm 的空间分辨率和 50ms 的时间分辨率，能够捕捉实时增强子和启动子动力学。研究测量和动态建模揭示了染色质通讯的两种不同模式，且主动转录会减缓内源性基因（如FOS ）的增强子 - 启动子动力学。Oligo-LiveFISH 为研究 3D 基因组动力学及其与细胞过程和疾病的联系提供了一个通用平台。

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