Nature子刊：仅仅几分钟就能计算出蛋白质与药物的相互作用

捷克科学院有机化学和生物化学研究所的一个研究小组开发了一种新的计算方法，可以准确地描述蛋白质如何与潜在药物分子相互作用，并且在短短几十分钟内完成。这个来自布拉格IOCB的新的量子力学评分函数因此可以显著加快对新药的研究。一篇关于该主题的科学文章发表在《自然通讯》杂志上。

研究表明，这是同类方法中第一个普遍适用的方法。布拉格IOCB的计算专家在10种不同结构复杂程度的蛋白质上进行了测试，每种蛋白质都结合了大量小分子(通常称为配体)。然后，他们不仅将他们的结果与其他相应方法的结果进行了比较，还与实验室实验的结果进行了比较，两者的比较结果都非常有利。

“当然，我们并不是唯一致力于此的人。有几种这样的方法。然而，通常情况下，它们的速度被较低的精度所抵消，而更精确的计算可能需要几天的时间。“我们的方法是独一无二的，因为它们可以在几十分钟内处理大分子系统的信息，同时保留更严格的量子力学计算的好处，”Jan ?ezá?解释说，他是由Pavel Hobza教授领导的非共价相互作用小组的文章的通讯作者。

这个小组的专家长期以来一直在研究分子间相互作用。在这项研究中，他们主要关注生物分子，他们的工作结果直接关系到药物的计算机辅助设计。原因是，当科学家们研究一种新药时，他们通常会寻找与特定蛋白质紧密结合的分子。然而，识别它们就像大海捞针一样，因为必须对大量分子进行测试，以区分出那些有希望的分子。这大大减缓了药物的发现，使其更加昂贵。通过预测蛋白质与配体结合的强度，从而挑选出最符合一套定义标准的分子，计算化学家省去了实验者的工作，这反过来又大大加快了药物的发现。

这项研究的潜力是如此之大，以至于它得到了商业部门的支持，布拉格国际奥委会的专家们已经与世界上最大的制药公司之一合作了一段时间。