Nature子刊：在常见代谢物样本中发现了1000多种以前未检测到的蛋白

范安德尔研究所的科学家们在常见代谢物样本中发现了1000多种以前未检测到的蛋白质，尽管采用了提取方法来清除它们，但这些蛋白质仍然存在。

该研究结果发表在《自然通讯》杂志上，为科学家提供了新的见解和工具，以改进未来的代谢组学实验，包括在提取过程中去除这些蛋白质的新方案。该研究并没有使先前的结果无效，而是强调了在实验设计和分析中适当的控制和验证的重要性。

科学的进步往往是偶然和敏锐观察的结合。在这种情况下，我们在实验中注意到一个奇怪的结果，深入研究，发现这一巨大的蛋白质景观通过标准代谢物提取而滑落，”VAI质谱核心主任，该研究的通讯作者Ryan Sheldon博士说。“这些蛋白质会模糊结果，并可能导致假阳性和假阴性。我们希望我们的发现能够提高人们对这些蛋白质组偷渡者的认识，并进一步加强代谢组学领域的研究。”

长期以来，人们一直认为，用于提取代谢物的化学物质会破坏样品中存在的蛋白质，从而防止它们干扰最终的分析。该研究表明，一些蛋白质持续存在，这可能会改变所提取样品的期望表型并改变结果。

为了筛除这些潜在的有问题的蛋白质，谢尔登和他的同事在他们的标准提取过程中增加了一个过滤步骤，去除大于3千道尔顿的蛋白质——这是一个包含大多数蛋白质的阈值。

“最终，我们可以拥有世界上最好的仪器，但如果样品制备存在问题，那么技术只能带我们到此为止，”谢尔登说。“确保我们的表型不含任何混淆蛋白对于获得准确结果至关重要。我们的发现帮助我们做到了这一点。”

该研究由VAI质谱核心研究科学家Molly Hopper博士和当时的van Andel研究所研究生Rae House博士牵头。House博士现在是VAI Evan Lien博士实验室的癌症表观遗传学培训计划支持的博士后研究员。