数百个新的基因组序列填补了果蝇生命之树的空白

美国斯坦福大学的伯纳德·金及其同事在7月18日出版的开放获取期刊《公共科学图书馆·生物学》上报告说，大量新的基因组序列数据填补了果蝇生命之树的主要空白。

果蝇是生物学研究中的经典模式生物，也是首批完成全基因组测序的物种之一。果蝇有超过4400个物种，果蝇家族的多样性可以提供对进化模式和过程的见解。但这些物种中只有一小部分完成了基因组测序，而大多数已发表的果蝇基因组序列都是来自一组非常有限的物种，具有代表性的近亲繁殖实验室菌株。

为了解决这个问题，研究人员对果蝇科179种果蝇的基因组进行了测序，包括野生捕获的果蝇、保存在博物馆的标本和实验室饲养的菌株。使用混合测序方法，结合了最新的短读和长读测序技术，他们能够从有限的材料中产生低成本，高质量的基因组序列。他们利用新的基因组序列和先前发表的数据，为果蝇科的360个物种制作了一棵系统发育树，完善了我们对这些物种进化关系的理解。他们还对近300个果蝇基因组进行了比对，作为未来比较基因组研究的开源工具，比如全基因组比对。

虽然对哺乳动物等大型生物的大规模测序工作正在顺利进行，但这项研究表明，对苍蝇等小型生物的基因组测序——甚至是那些在博物馆里保存了20年的生物——现在是可能的。

作者补充说:“现在考虑为数百或数千个物种组装基因组是完全可行的，甚至在一个实验室的研究预算上也是如此。这种大规模的、进化枝水平的采样将为我们研究果蝇等不同群体的基因组序列提供前所未有的分辨率，这肯定会提高我们对进化过程的理解。”