Nature：霍奇金淋巴瘤可采用液体活检来分型和监测

斯坦福大学领导的一项最新研究表明，基于循环肿瘤DNA（ctDNA）的液体活检分析特别适合经典型霍奇金淋巴瘤（cHL）的基因分型和动态监测。这种肿瘤在分析时面临的主要挑战在于其含有较少的恶性细胞，而含有大量的浸润免疫细胞。

这篇题为“Distinct Hodgkin lymphoma subtypes defined by noninvasive genomic profiling”的论文于12月11日发表在《Nature》杂志上，支持了采用无创策略对cHL进行基因分型和动态监测，并捕获那些具有诊断、预后和治疗潜力的分子亚型。

斯坦福大学肿瘤学和血液学教授Ash Alizadeh及其同事在文中表示：“目前已发表的cHL群体相对较小，且采用的分析方法在基因组广度和深度上都很有限。造成这种现象的一个主要原因是肿瘤内的恶性细胞相对较少，通常只占肿瘤组织细胞总量的1%左右。”

研究人员对24例cHL患者的肿瘤和血浆配对样本开展CAPP-seq分析，并对9份活检样本中的87,500多个细胞进行单细胞RNA测序分析。结果表明，与肿瘤本身相比，cHL的改变主要集中在ctDNA上。他们指出，原因在于DNASE1L3基因编码的酶具有DNA裂解活性。

在此基础上，研究人员采用外显子组测序或其他靶向测序方法来评估来自366例儿童或成人cHL患者的ctDNA样本。

在此过程中，他们鉴定出以前未发现的cHL亚型，称为H1和H2，同时表明cHL ctDNA可作为一种灵敏方法来追踪疾病复发的特征，尤其是微小残留病（MRD）的存在。他们还强调了潜在的治疗靶点，包括影响白介素-4受体（IL4R）基因的突变。

总的来说，这项综合分析证明了cHL的突变集中在大多数患者的血浆中，而不是肿瘤标本中。与大多数人类肿瘤类型不同的是，cHL表达高水平的DNASE1L3基因。它编码的酶可能有助于维持cHL特有的支持性肿瘤微环境。

作者在文中指出，“丰富的体细胞变异基因组图谱让我们能够采用聚类方法来确定两种不同的cHL基因亚型（H1和H2），这两种亚型的特点分别是高突变负荷和基因组不稳定性”。

在探索残留病灶和复发的ctDNA线索时，研究人员还使用了一种名为PhasED-seq的方法，对来自109例成人cHL患者的319份血浆样本进行超灵敏的MRD检测。他们将该方法与一种名为RePhyNER的变异分型算法相结合，以追踪治疗应答和疾病缓解情况。

在持续缓解的cHL患者中，研究人员发现ctDNA水平随着治疗而急剧下降，在治疗早期ctDNA测量值特别低。相比之下，若患者在治疗期间和治疗后ctDNA持续存在，则复发风险增加，且无进展生存期缩短。

Alizadeh表示，这些结果共同表明，可以利用cHL患者的基线ctDNA水平、H1/H2亚型、IL4R基因型和基于ctDNA的MRD测定来评估最有希望的治疗方案、治疗应答和管理策略。

“例如，ctDNA MRD水平可用来指导以缩短系统治疗时间为目的的试验，或指导将新型疗法纳入一线治疗的试验，包括PD-L1抗体，如pembrolizumab、nivolumab、tislelizumab或其他疗法，” Alizadeh建议说。